微生物识别癌症：里程碑式钻研被指严正数据过错

·据《迷信》杂志8月2日的微生物识文章报道，时至今日
，别癌这项钻研已经取患了数百次援用 ，症里指严正数为其余十多少项钻研提供了数据
 ，程碑错并反对于孵化了至少一个商业名目，式钻该商业名目旨在运用人体血液中的研被微生物序列来揭示癌症的存在
。

当地光阴8月2日
，据过《迷信》（Science）杂志的微生物识一篇文章陈说了近期迷信规模的一场强烈辩说，称一项里程碑式的别癌钻研可能存在“严正过错”，但被指存在过错的症里指严正数迷信家展现不拥护。

当地光阴2020年3月11日，程碑错《做作》（Nature）杂志刊登一篇名为《血液以及机关的式钻微生物组合成揭示癌症诊断措施》（Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach）的论文，美国加州大学圣地亚哥分校（University of California San Diego）罗伯·奈特（Rob Knight）等迷信家表明 ，研被差距规范的据过癌症与差距的微生物群落无关。他们运用家养智能梳理出可能揭示特定癌症的微生物识微生物DNA ，并提出了“一类基于微生物组的新型癌症诊断工具”。

据《迷信》杂志8月2日的文章报道 ，时至今日，这项钻研已经取患了数百次援用，为其余十多少项钻研提供了数据，并反对于孵化了至少一个商业名目，该商业名目旨在运用人体血液中的微生物序列来揭示癌症的存在。

可是，当地光阴2023年7月31日 ，美国约翰霍普金斯大学（Johns Hopkins University）史蒂文· 萨尔茨伯格（Steven L. Salzberg）等人在论文预印本平台上宣告了一篇文章，宣称奈特等人2020年的论文存在“严正数据合成过错”。萨尔茨伯格等人指出
，奈特等人未能精确地从测序的癌症机关数据库中过滤出人类DNA ，这导致数以百万计的人类基因序列被过错地归类为微生物 。“这篇论文的主要论断是残缺过错的。” 萨尔茨伯格说。

奈特不招供这些品评 ，并指出 ，2023年1月也曾经有一些迷信家对于其2020年的论文提出质疑，他的试验室已经在2023年2月宣告的预印本中作出回应。“这个新的预印本指出的下场真的不甚么是尚未果真处置的。”奈特说，他于2019年配合建树了Micronoma公司 ，以开拓基于微生物组的癌症诊断措施。他夸张 ，2022年9月，他的团队在《细胞》（Cell）杂志上宣告了一篇名为《泛癌症合成揭示了癌症规范特异性真菌生态以及细菌组相互熏染》的论文 ，运用了更新的措施来合成肿瘤中的真菌以及细菌，并患上出了与此前《做作》杂志上论文相似的论断 。

尽管如斯  ，旁不雅的钻研职员展现  ，这次萨尔茨伯格等人针对于奈特团队2020年的论文提出了更多缺陷，而且论点使人钦佩。英国剑桥大学（the University of Cambridge）的细菌遗传学家朱利安·帕克希尔（Julian Parkhill）说：“这是对于原始论文过错之处的精准拆解
。”

据《迷信》杂志报道，多位钻研职员见告《迷信》杂志，微生物组迷信无疑具备生物医学的远景，良多其余钻研小组已经将微生物与特定的癌症分割起来。英国诺丁汉特伦特大学（Nottingham Trent University）的微生物学家以及生物信息学家莱斯莉·霍伊尔斯（Lesley Hoyles）说：“这场辩说为严正依赖合计措施的微生物组钻研提供了一个警示。人们对于出书物的内容缺少质疑 ，咱们需要有人做这种合成。”

癌症机关中泛起了意外的细菌

奈特等人的论文运用了一个名为“癌症基因组图谱”（TCGA）的数据库，该数据库存储了来自人类癌症样本的大批DNA序列。数据库凭证序列是否与人类参考基因组相立室 ，将序列分类为人类或者非人类（尽管这种分类不美满）。

奈特等人将TCGA的“非人类”序列 ，以及来自多少十名无癌症患者以及100名癌症患者的序列
，与细菌、病毒以及其余微生物的DNA数据库妨碍了比力，表明差距规范的癌症有特定的常驻微生物群落。而后他们将数据输入机械学习算法，可能仅从样本的微生物组成中预料癌症的规范或者癌症是否存在 ，并称，其精确率无意挨近100%。

可是，一些迷信家留意到 ，奈特等人的试验服从中存在一些使人费解的发现  。尽管这项使命在癌机关中发现了良多人类细菌 ，但除了怪异的海藻细菌外 ，尚有一种与前线腺癌无关的陆地热液喷口细菌 
，以及一种与玄色素瘤无关的珊瑚细菌。

在2023年1月的预印本中，英国东英祥瑞大学（the University of East Anglia）的钻研职员展现，这可能表明该钻研的措施存在下场 。他们特意指出，癌症机关满意想不到的微生物的存在可能是数据库过错的服从，其中一个物种的序列被过错地标志为另一个物种的序列 。

帕克希尔批注说 ，人类DNA不留意进入微生物数据库是很罕有的 ，它被过错地列在微生物物种称谓下 。除了非钻研职员在将其与微生物数据库妨碍比力以前，从人体机关测序数据中过滤掉人类DNA，否则他们有可能检测到并不真正存在于机关中的生物体。

在一篇27页的回应中
，奈特以及他的共事们对于这些审核的紧张性提出了质疑，他们称，他们在2022年宣告于《细胞》杂志的论文中运用了新的措施
 ，复制了2020年宣告于《做作》杂志的论文的论断  。

但这个回覆并未让萨尔茨伯格钦佩，他开拓了奈特等人2020年论文中运用的一些合计工具。萨尔茨伯格与东英祥瑞大学的钻研职员相助 ，下载侧重新合成了奈特等人钻研数据中的一个子集。他们的合成发现，奈特等人以为是微生物的数百万序列实际上是人类的。最新的预印本以为 ，钻研中发现的良多微生物根基不在TCGA的癌症样本中。

奈特展现，特定癌症中发现的序列简直亲自份并无修正他的钻研团队的论断 ，“（合成）可能经由技术以及数据源头妨碍改善。”他还指出，其余钻研，以及他以及他的共事妨碍的一项小型合成表明 ，纵然更严厉地清扫了人类序列，微生物的差距依然存在。

应谨严看待严正依赖合计措施的钻研

在2020年的论文中 ，由于机关样原本自多个差距的医疗中间以及差距的光阴
，奈特等人运用了“尺度化”的技术来试图消除了可变性。但新的预印本称，这一历程是有下场的
，它为每一种癌症规范的数据引入了差距的电子标签，当钻研小组将尺度化数据输入他们的算法时，合计性可能偷偷地运用标签
，而不是微生物数据，来判断样原本自哪种癌症规范。

奈特说，他的团队不拥护最新预印本的合成
，并再次夸张 ，他们以差距的方式处置数据，患上出了同样的论断 。他填补说 ，他的团队不特意的能源来梳理预印本的杂乱合成或者在社交媒体上处置它 ，纵然它已经引起了惊动。“假如他们要在同行评审的期刊上宣告这篇文章，咱们会处置（它）。我以为这是做迷信钻研的适量方式，就像以前多少个世纪同样 。”

Micronoma首席实施官桑德琳·米勒-蒙哥马利（Sandrine Miller-Montgomery）在一份申明中说
：“咱们开拓了格外的人体过滤以及品质操作措施，将人类基因组DNA传染降到最低 ，发现这样做并不拦阻诊断癌症存在或者规范的能耐 。”对于其正在妨碍的肺癌血液检测 ，Micronoma已经基于非人类的宏基因组组装天生为了一个自力的、专有的微生物数据库。

当初，运用奈特等人2020年论文数据的其余学术团队的钻研是否受到影响尚不清晰。“这些都黑白常早期的阶段  ，这是一个至关重大的下场 。”美国国家癌症钻研所的 Eytan Ruppin 说 ，他依靠前述数据集撰写了一篇名为《预料肿瘤微生物组的癌症预后以及药物反映》（Predicting cancer prognosis and drug response from the tumor microbiome）论文，于2022年5月宣告于《做作-通讯》（Nature Co妹妹unications） 。

“如今理当听取《做作》论文的原作者的意见，假如他们抉择回应，就能在这个紧张话题上取患上一个可能愈加失调以及公平的意见。” Eytan Ruppin说。

一些迷信家说，学术期刊理当对于严正依赖合计措施的钻研愈加谨严。美国雪松-西奈医学中间（Cedars-Sinai Medical Center）的微生物组迷信家Ivan Vujkovic-Cvijin说：“在微生物组迷信中运用机械学习缺少尺度 。我以为这种迷信不同夸张了开拓它们的需要性。”

也有一些迷信家愿望有更多的品评辩说来处置原始论文中的下场。 “作为迷信家，咱们理当接受挑战。”帕克希尔说，“咱们理当可能主不雅地处置它，并在需要时加以更正 。”

参考质料
：

https://www.science.org/content/article/major-errors-alleged-landmark-study-used-microbes-identify-cancers

（原问题：微生物识别癌症 ：里程碑式钻研被指严正数据过错，原作者不屈）